Με τον όρο “Μουσείο”, στην Ελλάδα, κατά την αρχαιότητα δηλωνόταν ένα κέντρο λατρείας των Μουσών, δηλαδή των εννέα θεοτήτων που ήσαν υπεύθυνες για την καλλιέργεια των γραμμάτων και των τεχνών, επαγωγικά όμως και των επιστημών. Τα μουσεία ήσαν ιερά με βωμό, ανοικτές στοές, περιβόλους και εγκαταστάσεις μελέτης και ενδιαιτήματος όσων διέμεναν σ’ αυτά επιδιδόμενοι στην επιστημονικήν έρευνα. Πρότυπα για το Μουσείον Αλεξανδρείας υπήρξαν η Ακαδημία του Πλάτωνος και το Λύκειον του Αριστοτέλους.
Ο Αθηναίος φιλόσοφος και πολιτικός, Δημήτριος ο Φαληρεύς, μαθητής του Αριστοτέλους, θεωρείται ο κύριος εισηγητής για την ίδρυση, από τους Πτολεμαίους, του Μουσείου και για την οργάνωση της συνδεόμενης προς αυτό Βιβλιοθήκης.
Το Μουσείον Αλεξανδρείας υπήρξε το αρχαιότερο στον κόσμο κρατικό κέντρο ερευνών στις θεωρητικές και στις εφηρμοσμένες επιστήμες, και απετέλεσε, με τον συνδυασμό έρευνας και διδασκαλίας, το πρότυπο για ανάλογα ιδρύματα της Αρχαιότητος και για τις ακαδημίες και τα πανεπιστήμια του Μεσαίωνος, έως και την Αναγέννηση. Για την πληρέστερην ανάπτυξη της έρευνας στο Μουσείον συγκροτήθηκαν αστεροσκοπείο και ανατομικό εργαστήριο, δημιουργήθηκε ζωολογικός κήπος με σπάνια εξωτικά ζώα και ιδρύθηκε Βιβλιοθήκη, η μετέπειτα γνωστή ως Βιβλιοθήκη της Αλεξανδρείας.
Σύμφωνα με τον Στράβωνα (XVII, 793 c), το Μουσείον Αλεξανδρείας αποτελούσε τμήμα των πτολεμαϊκών ανακτόρων. Διέθετε “…περίπατον και εξέδραν και οίκον μέγαν, εν ω το συσσίτιον των μετεχόντων του Μουσείου φιλολόγων ανδρών…” και “…χρήματα κοινά…”, τα οποία διαχειριζόταν “ο ιερεύς ο επί τω Μουσείω τεταγμένος…”, προκειμένου να καλύπτωνται οι δαπάνες λειτουργίας του ιδρύματος. Τα μέλη του Μουσείου, οι “θιασώται”, δηλαδή οι λατρευτές των Μουσών, σιτίζονταν δωρεάν, είχαν υψηλό μισθό, “σύνταξιν”, άμεση φορολογική ατέλεια, καθώς και έμμεση απαλλαγή από συμμετοχή σε δημόσιες χορηγίες, προκειμένου να επιδίδωνται απερίσπαστοι στην ανάπτυξη των επιστημών.
Η επιδίωξη αυτή και τα προς αυτήν συνδεόμενα προνόμια των λογίων του Μουσείου και της Βιβλιοθήκης προεκάλεσαν τη δηκτική παρουσίασή τους από τον κυνικό φιλόσοφο και σιλλογράφο Τίμωνα τον Φλειούσιο, (περίπου 320-230 π.Χ.): “πολλοί μεν βόσκονται εν Αιγύπτω πολυφύλω βιβλιακοί χαρακίται απείριτα δηριόωντες Μουσέων εν ταλάρω” (Σίλλοι, απ. LX). Με την δηκτικήν αυτή παρουσίαση υποδηλώνονται η συστηματική ενασχόληση των Αλεξανδρινών λογίων στην έρευνα και στη γραπτή τεκμηρίωσή της, η ποικιλία των ερευνητικών τους ενδιαφερόντων και η απόστασή τους από τον μέσο άνθρωπο της ελληνιστικής και, αργότερα, της ελληνορωμαϊκής περιόδου, απόσταση που προεκλήθη από την “καθ’ έξιν φύσιν” προς την έρευνα αυτή. Τα “Συμπόσια”, κατά τα οποία οι “ενστατικοί” έθεταν το προς διερεύνηση πρόβλημα και οι “λυτικοί” επιχειρούσαν την ανάλυση και την ερμηνεία του, αποτελούν το αρχαίο πρότυπο διοργανώσεως συνεδρίων για την προαγωγή της τεκμηριωμένης γνώσεως.